前一段时间忙着转录组数据分析，说好的群落结构差异分析结果解读，严重拖更。期间微生信生物公众号发布了微生物群落分析的详细流程。感觉写的详细，跟我这种已经转了1年半行的确实不一样。虽然......,但是我还是想把硕士期间的笔记整理出来，就当是青春的记录了。大家想看更全面详细的分析流程，可以看推荐阅读 1. 群落结构差异分析为了防止大家已经忘记了数据格式和运行代码，这里还是先把分析重新跑一遍。
动态曲线图 flex实现的说明Author: Allan（吴进刚）其实现在回想起来很简单 无非就是用到了 flex 的 mx:LineChart组件，下面详细的说明下该组件下面是如何实现x轴，y轴的 刻度显示 曲线的实现，数据绑定等等。。首先看如下代码：<mx:LineChart id="mychart" hei
一、先看图：这是一个用Flash做的动态曲线图，请将鼠标移动那些绿色的小点上看看。这个示例可以结合asp、asp.net、php、jsp等后台语言，显示你想要的数据曲线。其实是与后台语言无关的，只要按一定的格式传递数据给它就可以。另外，这仅仅是个示例程序，您在使用时，有可能得按照自己的需求重新修改，但本例基本上已涉及了Flash绘制曲线图的各个技术方面。二、在制作此例前，我假设您已了解以下Flas
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2024-05-26 09:18:31
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# R语言实现生长曲线
生长曲线是生物统计中一种常见的分析方法，通常用于描述生物体（如植物、动物或微生物）在生长过程中的生长量或体积随时间变化的趋势。本文将详细讲述如何使用R语言来实现生长曲线分析，包括所需的步骤、代码示例和一些可视化工具。
## 流程概述
为方便理解，我们将整个流程分为以下几个步骤，并用表格列出每一步的主要内容。
| 步骤 | 内容描述
# R语言绘制生长发育曲线的指南
在统计学和生物学中，生长发育曲线常常用于描述个体或群体随时间变化的生长趋势。R语言作为一种强大的统计计算和绘图工具，提供了丰富的包和函数，可以帮助我们绘制这样的曲线。本文将带领大家完成使用R语言绘制生长发育曲线的全过程，包括每一步的代码和注释。
## 流程概览
为了更好地组织这项任务，我们将整个过程分为以下几个步骤：
| 步骤 | 描述
上一篇讲到了模块是如何下载,以及加载到宿主程序中.但是在下载之前,我们要指定模块的路径,以及模块的类型名,才能有效下载,以及加载. 在第一篇的UnityBootstrapper类的讲述中,我们提到了要继承这个类,并重载几个方法.其中一个重载的方法就是protected override IModuleCatalog CreateModuleCatalog()
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2024-08-12 11:21:02
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简要认识一下Logistic函数(sigmoid曲线)：（from wiki）Logistic函数或Logistic曲线是一种常见的S形函数，它是皮埃尔·弗朗索瓦·韦吕勒在1844或1845年在研究它与人口增长的关系时命名的。广义Logistic曲线可以模仿一些情况人口增长（P）的S形曲线。起初阶段大致是指数增长；然后随着开始变得饱和，增加变慢；最后
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2024-04-02 08:25:58
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# R语言绘制逻辑斯蒂生长曲线
## 导言
作为一名经验丰富的开发者，非常高兴能够帮助你学习如何使用R语言绘制逻辑斯蒂生长曲线。逻辑斯蒂生长曲线是一种常见的数据分析方法，用于描述生物体生长过程中的变化规律。在本文中，我将逐步介绍整个绘制逻辑斯蒂生长曲线的过程，并提供相应的R语言代码。
## 流程概述
下面是绘制逻辑斯蒂生长曲线的主要步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
原创
2023-07-21 22:07:06
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标题：使用R语言实现logistics生长曲线
## 引言
在物流领域中，了解和预测物流生长曲线对于优化供应链和仓储管理非常重要。R语言作为一种强大的数据分析和可视化工具，可以帮助我们实现这一目标。本文将详细介绍如何使用R语言来实现logistics生长曲线。
## 整体流程
以下是实现logistics生长曲线的整体流程，我们将在接下来的步骤中逐一展开解释。
| 步骤 | 操作
原创
2024-01-05 05:46:16
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# R语言中的生长曲线绘制
生长曲线是生物学和生态学中非常重要的一个概念，广泛用于描述个体或种群随时间变化的生长情况。例如，在农业科学中，我们可以通过分析作物的生长曲线，以评估不同栽培方法对产量的影响。
在本篇文章中，我们将探讨如何在R语言中绘制生长曲线，并提供一些代码示例，帮助大家更加直观地理解这一过程。
## 什么是生长曲线？
生长曲线通常用来表示某个生物体（或群体）在特定时间内的生长
生长曲线模型是用于描述生物体、生物群体以及其他许多非线性成长过程的数学模型。通过使用R语言，我们能够实现生长曲线的拟合和分析，从而更好地理解和预测生长过程。接下来，我将详细记录实现这个模型的过程，包括环境准备、集成步骤、配置详解、实战应用、性能优化和生态扩展。
## 环境准备
在我们开始之前，首先需要配置好R语言的开发环境，以便顺利进行生长曲线模型的实现。
### 依赖安装指南
在使用R语言
一、函数曲线图函数的曲线图是数学中研究函数的重要工具，利用R中的curve函数我们可以将函数曲线图绘制出来。curve函数的基本书写格式如下：curve(expr,
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2023-06-21 23:16:38
377阅读
一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickham编写的R包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。reshape2R包主要有两个主要的功能：melt和cast
melt：将wide-format数据“熔化”成long-format数据；
cast：获取long-format数据“重铸”成wide-format数据。这两
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2023-09-21 10:19:11
142阅读
# R语言 生长曲线模型实现指南
## 1. 整体流程
为了实现R语言中的生长曲线模型，我们可以采取以下步骤：
```markdown
| 步骤 | 操作 |
|------|--------------------------|
| 1 | 准备数据集 |
| 2 | 拟合生长曲线模型 |
|
原创
2024-04-27 05:06:15
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校准曲线图表示的是预测值和实际值的差距，作为预测模型的重要部分，目前很多函数能绘制校准曲线。 一般分为两种，一种是通过Hosmer-Lemeshow检验，把P值分为10等分，求出每等分的预测值和实际值的差距 另外一种是calibration函数重抽样绘制连续的校准图 我们既往文章《手动绘制logistic回归预测模型校准曲线》已经进行了手动绘制logistic回归预测模型校准曲线，有粉丝后台问怎么
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2023-08-17 16:47:32
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R 语言绘制ROC 曲线代码。 1 # install.packages("pROC") # 下载 pROC 包
2 # install.packages("ggplot2") # 下载 ggplot2 包
3 # install.packages("Rcpp")
4
5
6 library(pROC) # 加载pROC包
7 librar
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2022-04-08 06:39:00
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DCA(Decision Curve Analysis)临床决策曲线是一种用于评价诊断模型诊断准确性的方法。上次推出dcurves包绘制临床决策曲线的推文后，很多粉丝后台发来私信，主要是关于怎么计算净获益和竞争风险模型绘制临床决策曲线的问题，今天来演示一下：净获益、避免干扰曲线和竞争风险模型绘制临床决策曲线的绘制，继续使用我们的乳腺癌数据（公众号回复：乳腺癌可以获得该数据），dcurves包不能通
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2023-08-01 13:11:10
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内容概述缺乏准确的方法来预测伊朗的地上生物量，研究旨在找出针对特定地点AGB预测的最准确模型。 通过破坏性地采样，称重地点内174棵树木来测量AGB，并将树高直径（D），总高度（H）和基本木材密度（ρ）记录下来，作为建立异速生长方程和ANN模型的可控制变量。根据训练和测试数据集，在ANN模型中设计的最佳体系结构由两个隐藏层和每层20个神经元组成。 结果表明，在最佳神经网络中设计的模型预测AGB的精
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2024-08-08 15:11:52
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这里介绍生存曲线的绘制，对于生物医学领域来说，文章中很常见的图。一.数据处理数据格式是这样的。数据第A列是病人ID，B到I列临床信息，其他列是病人的标准化后的基因表达数据。我们只需要左侧红框的临床数据和一列基因表达数据。library(dplyr)
library(survival)
library(survminer)
data <- read.csv("BioInfoNotesData3
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2023-08-29 19:41:26
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一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。 当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这种图。接下来我将会写一些列教程(可能有视
