遭遇这个问题,也纠结了半天,网上各种查资料,但最后只需安装个包就行。哭笑不得,先感谢一下我转载文章的作者,踩着他的肩膀我才解决了这个难题。

   转:我的问题是一直在initializing org.eclipse.jst.j2ee.internal.web.container这个东西,上网查资料,有的说用clean参数启动,试了没用,有的说eclipse.ini修改下,试了也没有用,最后找到了javaeye上有人说解决了,但没说具体怎么做的,只给了链接,http://forum.springsource.org/showthread.php?t=103452,我勒个去,English,看我了老半天,但是关键的解决方法不是在这里,顺藤摸瓜,我找到了https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=327801,最终的方案在这里。 
这是wtp的一个bug,下载附件runtimePatch_327801.zip,解压,放到eclipse下,重启就好了。

   (转载地址:http://hsys.iteye.com/blog/997195

非转载:

下面补充一下关于在myeclipse下面如何安装runtimepatch包

    1.先将包下载下来,不过有可能出现安装问题。

    2.打开myeclipse,依次点击help-->software updates-->add remove software

进入如下界面

 

点击add,选择add local,将你的runtimePatch的目录(先解压)

 

然后就是选定runtimePatch的sites,单击next,一步一步按照向导安装。

    安装的过程可能遇到由于部分站点有问题而不能完全安装的问题,不过还是能解决“initializing java tooling(1%)”这种头疼的遭遇。

    安装完之后重启一下。